过实习期被扣12分的惩罚方法是:吊销驾驶资格。根据《机动车驾驶证申领和使用规定》,如果机动车驾驶人在实习期内有记满12分的记录,将会注销其实习的准驾车型驾驶资格。如果被注销的驾驶资格不属于最高准驾车型,还需要按照规定注销其最高准驾车型驾驶资格。那么,哪些情况下会扣12分呢?一是驾驶无牌无证机动车;二是涂改、伪造、冒领机动车牌证、驾驶证或者使用失效的机动车牌证、驾驶证;三是醉酒后驾驶机动车。如果你在实习期间发生了以上情况,将会被扣除12分,进而面临吊销驾驶资格的惩罚。因此,我们应该遵守交通规则,避免违章行为,保护自己和他人的安全。