机动车发票作废的操作方法因发票类型而异。对于机动车类增值税专用发票和机动车销售统一发票蓝字发票,均不允许作废,只能开具红字发票。而对于机动车统一销售发票,允许进行空白作废。值得注意的是,机动车类增值税电子专用发票蓝票、红票和空白发票均不支持作废。