战后,墨菲一直被创伤压力恐惧症所困扰,再加上失眠、阵发性抑郁和做那些战争噩梦。他的第一任妻子旺达亨德里克斯谈到了这些困扰他的疾病,有一次墨菲甚至用枪指着她。20世纪60年代中期,他不得不暂时依赖一种名为普拉西迪的安眠药。在他意识到自己有药物依赖后,他把自己关在一个汽车旅馆的房间里一个星期,直到他放弃药物依赖。他一直主张对从战争中归来的老兵进行心理治疗。他终于打破了一个不能讨论美国官员和士兵战时心理状态的禁忌。他坦白了自己的精神疾病,这种疾病在二战中被称为战斗疲劳症,在一战中被称为炮弹休克症,这让官方更加重视越战后老兵的心理问题。他要求美国政府加强对这些精神疾病的科学研究,并要求将这些疾病纳入战后回国退伍军人的医疗保险计划清单。