摩托车驾驶证和c1驾驶证怎么扣分

摩托车证和c1合并后，摩托车违章将从合并后的驾驶证内扣分。根据相关规定，公安机关交通管理部门对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为实行累积记分制度，记分周期为12个月，满分为12分。若机动车驾驶人在一个记分周期内记分达到12分，需按规定参加学习、考试。

同时，法律还规定：公安机关交通管理部门会对违反道路交通安全法律、法规的机动车驾驶人进行处罚，并扣留其机动车驾驶证。被扣留驾驶证的驾驶人需接受道路交通安全法律、法规教育，并重新参加考试，考试合格后方可发还其机动车驾驶证。