交通事故证据不足的案子怎么处理

按照刑事诉讼法的程序，交通肇事案件在被移交给检察院后，如经过深入调查后证据不足以构成犯罪，检察院将依据相关法律规定作出不起诉的决定。

具体依据是《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条规定，检察院有权要求公安机关提供法庭审判所需的证据，并对非法收集证据的情况进行调查。

若发现证据不足，经过两次补充侦查后检察院仍认为不具备起诉条件，将做出不起诉决定。