后备厢的设计是GLK的一大亮点，应该说以往奔驰车型给人的印象并不注重这些比较讨巧的设计，但在GLK身上我们感受到了今天的奔驰也在发生着一些变化。虽然后排座椅组合并没有什么灵活性，只是单纯的可以按比例放倒靠背，不过放倒靠背后的地板依然十分平坦。而且，后备厢地板打开后的储物槽里藏着一个可以组合和分拆的储物筐，不用时就拆开放平，也不占什么空间，需要时就拿出来变成一个筐，非常实用灵巧。而且左右两侧的厢壁利用先天的走势分别设计了储物袋和储物盒，既聪明又实用。
后备厢盖打开时开启的角度很大，呈上扬的姿态，对于身材较高的人来说是个好事，不会特意去猫腰躬背取放物品也不用担心会碰到头，但如果是身高低于160cm的人（无论男女），穿着平底鞋想去够那个拉手关门就会很费劲，可能要踮起脚来才行，个子更矮点的人很有可能出现够不到的情况。