2006年，途锐(参数|询价)进行了中期改款，前脸采用了大众新的家族式设计，安全性方面升级了防翻滚保护、新型防抱死制动系统等。同时，动力系统由3.6升V6发动机取代了此前的3.2升发动机，4.2升V8发动机配备直喷技术，使最大功率提升了40马力至350马力。三款柴油发动机都增加了微粒过滤器，3.0T V6 TDI发动机的最大输出功率由225马力提升至240马力。这一年，途锐V10 TDI拖动重达155吨的波音747-200前行了150米，创造了汽车拖拽重量的世界纪录。
2007年，途锐推出了高性能版的R50车款，该车基于途锐V10 TDI打造，动力系统经过升级，最大功率达到350马力，峰值扭矩850牛·米。R50还配备了专属徽标、空气动力学套件、21英寸锻造轮圈、蓝色刹车卡钳等。2009年，途锐又增加了V6 TDI BlueMotion车款，最大功率225马力，这款蓝驱车型油耗可降低10%，百公里油耗约为8.3升。
在赛车运动方面，途锐自2004年开始参加被誉为世界上最艰苦越野拉力赛的达喀尔拉力赛。2009年，比赛首次从非洲大陆移师南美，经过多年磨练的大众汽车途锐车队的选手们一路披荆斩棘，终于尝到胜利的滋味，包揽了冠亚军。以途锐W12为原型的大众途锐2赛车，成为了第一辆在达喀尔拉力赛中夺冠的柴油赛车。在接下来的2010年和2011年达喀尔拉力赛中，途锐车队成功卫冕，实现了三连冠。
第二代途锐（2010-2018年）
2010年，第二代大众途锐正式发布，新车出自改进型的PL72平台，采用了由德·席尔瓦设计的低调、内敛又不失个性的“横向”家族脸谱。第二代途锐的车重减轻了208公斤，同时车身抗扭刚度提升5%，风阻系数从上一代的0.38降至0.35。在车身尺寸上略有提升，长宽高为4795×1940×1709mm，轴距增加了38mm，达到2893mm。
内饰在布局和细节上都有所创新，三辐式方向盘取代了老款的四辐式方向盘，升级了全景天窗、电子手刹、自动驻车、座椅通风、360度全景影像、动态车灯辅助系统等配置。与新一代保时捷Cayenne一样，第二代途锐的后排座椅可进行16cm的前后调节，以及6°的靠背角度调节。后备厢容积为603升，将后排座椅放倒后可扩展至1732升。
动力部分，第二代途锐继续搭载3.6升V6 FSI汽油发动机和V6 TDI、V8 TDI柴油发动机，传动系统标配8速手自一体自动变速箱。不过，出口到中国市场的途锐比较特殊，配备的是3.0T V6 TSI发动机。此外，全新途锐首次引入了油电混合动力系统，由一台3.0升V6 TSI机械增压直喷汽油发动机和一台电动机构成，系统最大输出功率380马力，峰值扭矩580牛·米。
第二代途锐继续采用前后双横臂式独立悬架，空气减震器可实现多种调节，悬架软硬度有舒适、标准、运动3种模式可选，离地高度分五级可调，由低到高分别为：负载、标准、运动、越野、极限越野，离地间隙调整幅度约为115mm，最低为230mm，有助于降低重心、稳定车身，最高可达345mm，提高了底盘通过能力。
四驱结构方面标配的是4Motion全时四驱系统，以机械式托森中央差速器为核心，前后轴配备开放式差速器，这套系统的优点是动力分配响应快、可靠性高。在正常情况下，前后轴动力分配比例为40:60，在极端情况下后轴最大可以分配到80%的驱动力，前轴最大可以分配到60%的驱动力。另外还可选装越野性能更强悍的4×Motion四驱系统。
2012年是途锐车型上市10周年，为此大众推出了途锐X周年纪念版（X在罗马数字中代表10），配备了19英寸铝合金轮圈，车身增加了更多镀铬装饰以及X版徽标。内饰采用Nappa真皮包裹配以乌木饰条，脚踏板也镶嵌了X版徽标，在细节之处彰显个性。值得一提的是，途锐在中国、俄罗斯、中东、巴西等市场还推出了4.2 FSI车型，搭载了4.2升V8自然吸气发动机，其最大输出功率360马力，峰值扭矩445牛·米。
2014年，第二代途锐进行了中期改款，在外观和内饰细节部分有所调整，进气格栅改为四横辐镀铬设计并与前大灯衔接，A字型下进气格栅造型与上进气格栅成对应姿态，同时全系增配了发动机启停技术、自适应远光灯等配置。动力方面，3.0升V6 TSI汽油发动机经过调校之后，最大功率为320马力，峰值扭矩为440牛·米，相比老款分别提升了22马力和20牛·米，V6 TDI柴油发动机的最大功率增至262马力。
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