◆ 1989年-1998年 成为自然吸气发动机技术王者
1989年，本田发布了搭载DOHC VTEC发动机的第二代Integra车型。VTEC是可变气门正时和升程电子控制系统的缩写，该技术为发动机在各种工况和转速下提供了更高的进、排气效率。最初的DOHC VTEC发动机，其作用是以提升动力为主；1991年，本田推出了能有效降低燃油消耗的SOHC VTEC-E发动机；1995年推出的三级VTEC发动机，则结合了前两者的优点，在性能与节能之间做出了更好的平衡。
同年10月，本田还推出了Accord Inspire车型，这款搭载了直列五缸发动机的前驱轿车，直接竞争对手是丰田Cresta和日产Laurel。
1990年，工程师出身的川本信彦成为了本田公司的第四任社长，这一年本田首次将预紧式安全带系统和副驾驶席SRS安全气囊系统搭载在Legend车型上。此外，本田的中置后驱跑车NSX也正式发布。
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NSX拥有简洁动感的造型，车身高度仅为1170mm。由于采用了轻量化设计，全铝车身打造的NSX车重仅为1350kg。
NSX前期搭载了3.0L V6 DOHC自然吸气VTEC发动机，最大功率274马力，峰值扭矩280牛米；后期换装了3.2L V6 DOHC自然吸气VTEC发动机，最大功率提升至294马力，峰值扭矩达到304牛米。此外，在专为赛道而生的限量版车型NSX Type R上，还搭载了本田的首款高性能“红头”发动机。
1991年，本田推出了微型中置后驱跑车Beat，这是本田宗一郎生前监督制造的最后一款车。该车由宾尼法利纳设计，符合日本当时的Kei car标准（车身长宽高小于3000mm×1400mm×2000mm，发动机排量低于660ml，最大功率少于64马力）。本田Beat总共仅售出33600辆，其中2/3是在第一年生产的，此后销量便急剧下降。
1992年，本田汽车累计产量突破2000万辆，但随着90年代初日本泡沫经济的破裂，本田陷入了困境。其1993年和1994年的销售额持续下跌，销售量位于丰田、日产、三菱、马自达之后排在第五位。为了挽救公司，川本信彦创造了一个新的车型概念——日本人称之为“休闲汽车”。而正是依靠这类新车，本田开始重新崛起。
“休闲汽车”主要是指在节省成本的前提下，利用已有的轿车平台开发出更具运动性的MPV和城市SUV等车型。1994年，本田推出了基于Accord平台打造的ODYSSEY（奥德赛），新车有50%的部件与Accord通用。一年后，本田又推出了基于CIVIC平台打造的CR-V车型。随着这两款车型的热销，到1995年，本田汽车全球累计产量突破了3000万辆。
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早在1995年东京车展上，本田曾展示过一款SSM概念跑车，该车正是S2000的雏形。S2000是为纪念本田技研工业成立50周年而推出的纪念版，该车于1999年面世，到2009年停产，总共生产了112634辆。
随着燃油价格的不断提高以及人们环保意识的日益增长，90年代后期，本田开始探索新的动力形式。1997年东京车展上，本田展出了一款名为J-VX的混合动力概念车，该车便是本田首款混合动力车型INSIGHT的原型。采用三门掀背版造型的第一代INSIGHT，在1999年推出时，以百公里2.8L的超低油耗成为当时全球油耗最低的量产汽车。
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