■ 奠定全新的市场：第二代M5
1988年，第二代E34 M5面世，与上一代M5相比，这一代车型外观设计偏向流线，原来的直列6缸发动机排量由原来的3.6升提升至3.8升，输出功率提升至315马力（后来又追加至340马力）。
另一个变化是发动机的内部生产编号不再是“M”，而是按照BMW公司发动机命名方式改为“S”。如何一眼就能确定两代车款之间的区别，首先是发动机罩上原来的“BMW”字标现被“M Power”取代，第二代E34 M5也是BMW M88发动机最后的辉煌。
第二代BMW M3
在1990年推出下一代3系的同时，BWW Motorsport GmbH已开始准备将在1992年投放全新BMW M3。虽然E30 M3有着出色的性能，但日常驾驶的舒适性实在不敢恭维。所以，1992年推出的第二代车型E36 M3在乘坐舒适上进行了提升。
外观也不再像上一代E30车型那样通过醒目的尾翼和外扩轮拱吸引人们的眼球，E36 M3选择更内敛的外观风格。E36 M3搭载一台采用VANOS技术的3.0升直列六缸发动机，这款发动机的最大功率为286马力。
所有的客户和媒体从一开始就对全新M3青睐有加，此后的六年时间里，共有71000辆E36 M3跑车面市。当它登陆美国市场，《Automobile Magazine》杂志便立即给予“年度最佳汽车”的称号，这是进口汽车首次在美国获此殊荣。
在1992到1996年间，BMW Motorsport GmbH基于这款M3生产超过85辆3系四门赛车。约翰尼·塞科托（Johnny Cecotto）驾驶其中一辆汽车于1993年赢得了ADAC GT冠军，随后转战美国赛场并且同样取得了佳绩，到1996年，PTG M3赢得IMSA头衔。
自1992年起，为了使公司的业务范围更加完善，BMW Motorsport GmbH创建了BMW Individual公司，这家公司可以为客户提供个性化的定制服务，定制的对象涵盖所有宝马车型，以满足消费者最具个性化的愿望及偏好。有人评论说，BMW Individual公司最高境界正是以客户为中心的理念。
1993年，公司不得不再次作出调整，当时不少有客户借助BMW Individual对其车辆进行个性化打造，或者加入BMW精英驾驶培训时都会对现有的公司名称“BMW Motorsport GmbH”感到莫名其妙。因此，BMW决定简化公司的新名称，正式将“M”呈现在人们面前。最后，Motorsport GmbH于1993年8月1日正式更名为BMW M公司。
1995年，最畅销的BMW M3拥有更加强劲的动力，新的3.2升发动机能够爆发出321马力的动力，Double-VANOS双凸轮轴可变气门正时系统首次得以应用。1996年，在E36时代的末期，BMW也推出名为SMG（Sequential M Gearbox）利用液压控制离合器及档位的半自动手挡变速箱。
■ 首创的变速箱技术：SMG
BMW M是全球首家使用顺序式变速箱（SMG）的汽车制造商，这项独一无二的技术首先被应用到M3上。SMG以M3的传统变速箱为基础，在换挡时利用电子液压方式促动离合片。驾驶者无需踩下离合器踏板，只要向上轻推或向下轻拉一下换挡杆，便可非常便捷地在瞬间完成换挡。尽管在开始时有些驾驶者对这项新技术持怀疑态度，但SMG很快便流行起来，到这一代M3生产周期的末期，几乎所有BMW M3都配备了SMG变速箱。
同样是在1995年，另一款M发动机也获得了骄人的成功：它是保罗·罗斯克设计的另一款发动机，基于750i发动机的6升12缸大型发动机，它帮助McLaren F1硬顶超级跑车在勒芒24小时耐力赛上勇夺桂冠。保罗·罗斯克与McLaren总经理高登·莫瑞（Gordon Murray）默契配合，联手打造堪称顶尖跑车极致的McLaren F1超级跑车。
几年之后，即是在1999年，这款来自宝马的V12发动机取得了巨大的成功：将勒芒24小时耐力赛的总冠军捧回总部。但此时这款发动机已不再由M GmbH生产。因为在1995年，BMW Motorsport Ltd在英国成立，它接管了宝马赛车领域的所有项目。从此以后，M GmbH便将全部精力都投入到三个业务范畴：BMW M汽车、BMW个性化定制和BMW精英驾驶培训。
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